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### Exercise: data import
read_csv2("../data/ImagedCells_reallife.csv")
read_csv2("../data/ImagedCells_reallife.csv", skip = 5)
read_csv2("../data/ImagedCells_reallife.csv", skip = 5, na = c("", "ERROR"))
# --------
## Exercise: aesthetics
ggplot(data = cells, aes(x = gfp_T0, y = mCh_T0)) +
geom_point(aes(shape = treated))
# Distinguish *mapping* to a colour with `aes()` from *setting* to a colour with
# commands such as `colour = "blue"`.
ggplot(data = cells, aes(x = gfp_T0, y = mCh_T0)) +
geom_point(aes(shape = treated), colour = "red") +
my_label
# This is usually not what you want: here, ggplot2 will internally create a
# new variable in the data that only contains the value "red"
ggplot(data = cells, aes(x = gfp_T0, y = mCh_T0)) +
geom_point(aes(shape = treated, colour = "red")) +
my_label
# ---------
## Exercise: model fits
ggplot(data = cells, aes(x = gfp_T0, y = mCh_T0, colour = treated)) +
geom_point() +
geom_smooth(method = "loess") +
my_label
# ---------
## Exercise: displaying error bars
gfp_summary <-
group_by(cells, Well) %>%
summarise(mean_gfp = mean(gfp_T0),
lower = mean_gfp - sd(gfp_T0),
upper = mean_gfp + sd(gfp_T0))
gfp_summary
ggplot(gfp_summary, aes(x = Well, y = mean_gfp)) +
geom_bar(stat = "identity") + # important - otherwise you'll get counts!
geom_errorbar(aes(ymin = lower, ymax = upper), width = 0.5)
# ---------
## Exercise: plotting distributions on top of each other
ggplot(cells, aes(x = gfp_T0)) +
geom_histogram(aes(fill = treated), alpha = 0.5,
position = position_fill())
# ---------
## Exercise: tidying up data
(load("../data/mtec_counts.RData"))
subtab <- mtec_counts[1:3, 1:9]
subtab
(subtab_tidy <- gather(subtab, cell17:cell25, key = "cell", value = "count"))
ggplot(subtab_tidy, aes(x = ensembl_id, y = count, fill = cell)) +
geom_bar(stat = "identity")
ggplot(subtab_tidy, aes(x = ensembl_id, y = count, fill = cell)) +
geom_bar(stat = "identity", position = "dodge")
some
random
metadata
because why not
trollolol
"Well";"treated";"gene";"cellID";"roundness";"gfp_T0";"mCh_T0";"cell_area";"gfp_T1";"gfp_T2";"gfp_T3";"mCh_T1";"mCh_T2";"mCh_T3"
"A1";"no";"wt";"cell_A1_1";0,89;281;224;545,98360231189;345;445;496;228;232;236
"A1";"no";"wt";"cell_A1_2";ERROR;329;248;430,413371015397;394;502;554;252;256;260
"A1";"no";"wt";"cell_A1_3";;284;224;444,971062537707;339;439;490;228;232;236
"A1";"no";"wt";"cell_A1_4";0,92;331;250;567,676636933864;395;506;557;254;258;263
"A1";"no";"wt";"cell_A1_5";0,83;280;220;459,674554133286;338;437;487;224;228;232
"A1";"no";"wt";"cell_A1_6";0,91;295;228;485,993733347284;353;458;507;232;236;240
"A1";"no";"wt";"cell_A1_7";0,98;332;255;512,347473837987;397;511;564;259;264;268
"A1";"no";"wt";"cell_A1_8";0,81;300;244;520,784092486424;360;472;521;248;252;256
"A1";"no";"wt";"cell_A1_9";0,83;296;235;497,141631395863;353;451;505;239;243;247
"A1";"no";"wt";"cell_A1_10";0,88;271;222;557,89548370486;326;425;475;226;230;234
"A1";"no";"wt";"cell_A1_11";0,86;310;240;576,030439042359;371;481;533;245;249;253
"A1";"no";"wt";"cell_A1_12";0,98;272;221;359,378295713583;328;422;473;225;229;233
"A1";"no";"wt";"cell_A1_13";0,94;303;250;454,061601285569;361;466;512;254;258;262
"A1";"no";"wt";"cell_A1_14";0,89;300;240;521,140799591672;361;468;519;244;248;252
"A1";"no";"wt";"cell_A1_15";1;281;223;502,045689907648;339;440;491;227;231;235
"A1";"no";"wt";"cell_A1_16";0,86;270;215;426,793253371843;326;423;471;219;223;227
"A1";"no";"wt";"cell_A1_17";0,84;291;230;506,45028682776;345;447;498;234;238;242
"A1";"no";"wt";"cell_A1_18";0,9;303;240;501,692426869867;359;464;516;244;248;252
"A1";"no";"wt";"cell_A1_19";0,87;300;229;403,389994087415;359;458;507;233;237;241
"A1";"no";"wt";"cell_A1_20";0,94;305;233;508,108332895744;369;476;523;237;241;245
"A1";"no";"wt";"cell_A1_21";0,98;317;243;491,482560044213;380;487;541;247;251;255
"A1";"no";"wt";"cell_A1_22";0,92;316;250;447,047769578058;377;484;537;254;258;262
"A1";"no";"wt";"cell_A1_23";0,93;337;260;529,92448816608;400;513;566;264;268;272
"A1";"no";"wt";"cell_A1_24";0,94;315;244;525,675214246614;378;486;539;248;252;256
"A1";"no";"wt";"cell_A1_25";0,96;297;232;570,879849227428;357;466;515;236;240;244
"A1";"no";"wt";"cell_A1_26";0,87;317;244;491,937296863837;378;489;542;248;252;256
"A1";"no";"wt";"cell_A1_27";0,94;286;219;519,215713290235;347;450;502;223;227;231
"A1";"no";"wt";"cell_A1_28";0,91;297;234;590,50950921291;351;453;507;238;242;246
"A1";"no";"wt";"cell_A1_29";0,92;308;241;562,636043065737;366;480;528;245;249;253
"A1";"no";"wt";"cell_A1_30";0,89;319;247;568,657202325375;387;499;551;251;255;259
"A1";"no";"wt";"cell_A1_31";0,89;294;235;531,21574838841;351;459;510;239;243;247
"A1";"no";"wt";"cell_A1_32";0,87;339;264;515,777373939562;402;512;566;268;272;277
"A1";"no";"wt";"cell_A1_33";0,82;305;240;518,814391831325;364;470;522;244;248;252
"A1";"no";"wt";"cell_A1_34";0,94;308;245;526,312169471853;370;476;528;249;253;257
"A1";"no";"wt";"cell_A1_35";0,77;300;239;488,335617058912;360;465;518;243;247;251
"A1";"no";"wt";"cell_A1_36";0,88;272;212;461,561464089337;324;420;469;216;220;224
"A1";"no";"wt";"cell_A1_37";0,82;304;238;479,34732718744;363;465;516;242;246;250
"A1";"no";"wt";"cell_A1_38";0,86;281;216;540,768456776077;337;435;486;220;224;228
"A1";"no";"wt";"cell_A1_39";0,81;298;222;554,358987030984;356;459;507;226;230;234
"A1";"no";"wt";"cell_A1_40";0,88;317;243;586,763937770193;378;480;531;247;251;255
"A1";"no";"wt";"cell_A1_41";0,88;287;223;527,839243626368;349;455;507;227;231;235
"A1";"no";"wt";"cell_A1_42";0,94;310;253;512,767259353226;372;479;532;257;261;265
"A1";"no";"wt";"cell_A1_43";0,84;298;239;437,088869474479;357;457;511;243;247;252
"A1";"no";"wt";"cell_A1_44";1,02;322;248;581,842338125415;378;489;539;252;257;261
"A1";"no";"wt";"cell_A1_45";0,89;308;240;566,160997913238;372;486;538;244;248;252
"A1";"no";"wt";"cell_A1_46";0,91;296;227;542,694856806632;350;454;505;231;235;239
"A1";"no";"wt";"cell_A1_47";0,94;270;213;538,621261085338;325;430;480;217;221;225
"A1";"no";"wt";"cell_A1_48";0,95;274;229;471,470695565946;332;433;479;233;237;241
"A1";"no";"wt";"cell_A1_49";0,87;259;202;517,13605651526;311;406;456;206;210;214
"A1";"no";"wt";"cell_A1_50";0,91;330;254;525,804092063929;391;498;549;259;263;268
"A1";"no";"wt";"cell_A1_51";0,86;316;242;528,4041349791;381;494;546;246;250;254
"A1";"no";"wt";"cell_A1_52";0,87;310;240;493,893939863982;370;473;525;244;248;252
"A1";"no";"wt";"cell_A1_53";0,86;308;242;509,043267758326;368;478;530;246;250;255
"A1";"no";"wt";"cell_A1_54";0,89;298;225;516,493182668758;354;458;510;229;233;237
"A1";"no";"wt";"cell_A1_55";0,98;306;236;458,740789694216;372;477;528;240;244;248
"A1";"no";"wt";"cell_A1_56";0,84;304;236;487,796820241904;370;482;531;240;244;248
"A1";"no";"wt";"cell_A1_57";0,84;313;245;516,824033641556;371;479;529;249;253;257
"A1";"no";"wt";"cell_A1_58";0,86;308;241;570,194188730037;369;484;534;245;249;254
"A1";"no";"wt";"cell_A1_59";0,84;296;232;509,450539414922;356;463;514;236;240;244
"A1";"no";"wt";"cell_A1_60";0,97;290;227;463,46952572088;346;449;501;231;235;239
"A1";"no";"wt";"cell_A1_61";0,85;301;248;452,208931946797;365;473;525;252;256;261
"A1";"no";"wt";"cell_A1_62";0,97;299;235;440,369551525681;360;462;514;239;243;247
"A1";"no";"wt";"cell_A1_63";0,84;301;225;462,51227201509;358;460;511;229;233;237
"A1";"no";"wt";"cell_A1_64";0,89;328;249;575,408430096911;392;503;556;253;257;261
"A1";"no";"wt";"cell_A1_65";0,89;277;217;510,368887697667;333;431;480;221;225;229
"A1";"no";"wt";"cell_A1_66";0,88;301;243;526,863331290564;360;455;503;247;251;255
"A1";"no";"wt";"cell_A1_67";0,87;307;244;516,702997576501;366;469;520;249;253;258
"A1";"no";"wt";"cell_A1_68";0,89;297;228;455,540428843341;359;464;513;232;236;240
"A1";"no";"wt";"cell_A1_69";0,89;293;231;511,216825623824;346;450;502;235;239;243
"A1";"no";"wt";"cell_A1_70";0,96;327;242;597,213933920829;387;496;547;246;250;254
"A1";"no";"wt";"cell_A1_71";0,86;277;211;500,83164676688;334;433;481;215;219;223
"A1";"no";"wt";"cell_A1_72";0,94;340;288;512,482135973413;401;516;571;293;298;303
"A1";"no";"wt";"cell_A1_73";0,87;294;233;537,107002930358;351;451;499;237;241;245
"A1";"no";"wt";"cell_A1_74";0,97;319;248;408,650229828428;379;488;538;252;256;261
"A1";"no";"wt";"cell_A1_75";0,8;317;248;460,840600101356;380;490;542;253;258;263
"A1";"no";"wt";"cell_A1_76";0,92;307;238;619,749905831989;369;466;517;242;247;251
"A1";"no";"wt";"cell_A1_77";0,94;308;249;548,128505564015;367;475;524;253;257;262
"A1";"no";"wt";"cell_A1_78";0,89;302;233;529,780833430278;362;473;524;237;241;246
"A1";"no";"wt";"cell_A1_79";0,92;291;217;562,376740018178;350;451;502;221;225;229
"A1";"no";"wt";"cell_A1_80";0,86;322;251;488,225875946773;380;486;535;255;259;263
"A1";"no";"wt";"cell_A1_81";0,97;283;226;440,847913075657;344;443;492;230;234;238
"A1";"no";"wt";"cell_A1_82";0,85;285;225;472,815732899217;344;444;494;229;233;237
"A1";"no";"wt";"cell_A1_83";0,96;258;185;531,456776919644;314;407;454;189;193;197
"A1";"no";"wt";"cell_A1_84";0,99;334;251;509,710552250362;398;511;560;256;260;265
"A1";"no";"wt";"cell_A1_85";0,92;302;235;607,957238865152;361;463;515;239;243;247
"A1";"no";"wt";"cell_A1_86";0,92;292;229;495,898148849214;353;458;508;233;237;241
"A1";"no";"wt";"cell_A1_87";0,9;299;240;538,241182493554;364;469;519;244;248;252
"A1";"no";"wt";"cell_A1_88";0,86;281;214;532,113097580552;339;440;486;218;222;226
"B1";"yes";"wt";"cell_B1_1";2,26;349;216;590,375665546144;413;536;590;220;224;228
"B1";"yes";"wt";"cell_B1_2";0,24;365;238;510,204150477053;433;551;601;242;246;250
"B1";"yes";"wt";"cell_B1_3";-0,88;331;207;435,52637468643;394;506;558;211;215;219
"B1";"yes";"wt";"cell_B1_4";1,76;305;161;532,162370402151;365;472;522;164;167;171
"B1";"yes";"wt";"cell_B1_5";0,54;375;253;467,162241586544;445;568;624;258;263;267
"B1";"yes";"wt";"cell_B1_6";1,43;314;190;511,61647476667;381;488;537;194;198;202
"B1";"yes";"wt";"cell_B1_7";0,55;345;228;459,402467344102;406;514;571;232;236;240
"B1";"yes";"wt";"cell_B1_8";1,3;374;245;439,24210943903;438;560;616;249;253;257
"B1";"yes";"wt";"cell_B1_9";1,04;321;188;525,640749061556;380;496;547;192;196;200
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