From 56992d29df96250acd2d1a09e967447d584e5e9d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Tobias Marschall <tobias.marschall@0ohm.net>
Date: Thu, 11 Jan 2018 18:40:02 +0100
Subject: [PATCH] Added rule to simulate a genome
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Snakefile | 17 +++++++++++++++++
1 file changed, 17 insertions(+)
diff --git a/Snakefile b/Snakefile
index b9b62ef..29365ec 100644
--- a/Snakefile
+++ b/Snakefile
@@ -32,6 +32,23 @@ rule all:
+################################################################################
+# Simulation of count data #
+################################################################################
+
+rule simulate_genome:
+ output:
+ tsv="simulation/genome{seed}.tsv"
+ log:
+ "log/simulate_genome/genome{seed}.tsv"
+ params:
+ svcount=200,
+ minsize=1000,
+ maxsize=2000000,
+ mindistance=1000000,
+ shell:
+ "utils/simulate_SVs.R {wildcards.seed} {params.svcount} {params.minsize} {params.maxsize} {params.mindistance} {output.tsv} > {log} 2>&1"
+
################################################################################
# Plots #
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