exercicio2.tmpl

#encoding UTF-8 
#extends Base 
#from Util import Util 
#from Menu import Menu

#def content
<div id="content" class="activity">
<a name="top"></a>

$Menu.exercises("visao", selected="1")

<img class="section" src="/media/images/section_2.png">
<img class="legend" src="/media/images/legend.png">
$Util.heading(u"COMO CONSULTAR BASES DE DADOS BIOLÓGICOS?")
<ul>
  	<li>Neste exercício vai consultar uma base de dados que contém toda a informação conhecida sobre genes humanos, a <b>GeneCards</b>.
  		</li>
  	<li>A GeneCards é uma base de dados integrada, ou seja, com <i>links</i> para muitas outras bases de dados.
		</li>
  	<li>Permite consultar muita informação sobre genes como, por exemplo, a sua localização, que proteínas codificam, a que doenças estão
associados, etc.
		</li>
  	<li>Neste exercício vai usar uma <b>palavra chave</b> para pesquisar genes de opsinas humanas.
 		 </li>
  	<li>Estas proteínas transformam a luz em impulsos, recebidos por células localizadas no cérebro, e permitem a percepção das cores.
  		</li>
</ul>
<ul class="icon">
  	<li class="research">Entre na base de dados <a href="http://www.genecards.org/" target="right">GeneCards</a>
  	<i>(Para mais facilmente seguir o exercício abra uma nova janela)</i>
  		</li>
 	<li class="research">Em <strong>Search the GeneCards Human Gene Database</strong> e na janela <strong>SEARCH</strong>, insira a palavra-chave 
 	<strong>opsin</strong>.
 		<sup>
 			<a><span title="Como as bases de dados servem uma comunidade científica Internacional a língua oficial de ciência e tecnologia é o Inglês.">[1]
 		</span></a>
 			</sup>
    			</li>
	<li class="research">Certifique-se que a pesquisa vai ser feita usando a opção <strong>Keywords</strong> e clique no botão <strong>Search</strong>, que se encontra à direita
			</li>
   	<li class="research">Na nova janela aparece uma lista de genes identificados com a palavra chave <b>opsin</b>. Os resultados são apresentados numa tabela, 
   	dividida em sete colunas em que: 
   			</li>
</ul>
	<ol>
  		<li><strong>+ </strong> - dá acesso a mais informação
  			</li>
  		<li><strong>Symbol</strong> - identifica o nome do gene
  			</li>
  		<li><strong>Description</strong> - dá a respetiva descrição
  			</li>
  		<li><strong>GC id</strong> - é o respetivo número de identificação nesta base de dados
  			</li>
	</ol>
<ul class="icon">
  		<li class="question">Consultando o campo <strong>Description</strong> identifique os genes em que aparece a palavra-chave <strong>opsin</strong>.
			</li>
		<li class="indent">Não deve ter tido dificuldade em identificar mais do que um gene associado à palavra-chave <strong>opsin</strong>.
			</li>
  		<li class="question">Clique no sinal <strong>"+"</strong>, do resultado número <strong> 6 </strong> , para ter acesso a mais informação sobre o 
  		gene OPN1LW. Identifique a cor pela qual o gene é responsável.
  			</li>
  		<li class="question">Os genes OPN1MW e OPN1SW são também genes envolvidos na visão. Qual a cor atribuída a cada um destes genes?
  			</li>
  		<li class="research">Para ter acesso a uma descrição mais pormenorizada sobre o gene responsável pela deteção da cor vermelha siga o <i>link</i>
  		 <a href="http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=OPN1LW&amp;search=opsin&amp;suff=txt" target="right">OPN1LW </a>.
 			</li>
  		<li class="indent">A página está dividida em duas colunas e várias filas e, a estas, vamos chamar secções.
			</li>
  		<li class="indent">Para mais facilmente localizar as secções use a janela que se encontra na coluna da esquerda <strong>Jump to Section</strong> e, com a seta, 
  		faça aparecer o menu secções por ordem alfabética
			</li>
  		<li class="research">Selecione a secção <strong>Genomic Views</strong>.
			</li>
		<li class="indent">Nesta secção encontra <i>links</i> para bases de dados com informação relacionada com a localização deste gene, como por exemplo Ensembl e Entrez Gene.
			</li>
		<li class="question">Identifique:
			</li>
		</ul>
	<ol>
			<li>Em que cromossoma se localiza o gene
				</li>
			<li>O tamanho de gene
				</li>
			<li>A orientação da cadeia de DNA em que se encontra o gene
				</li>
	</ol>
<ul class="icon">
		<li class="	research">Vá agora para a secção <strong>Proteins</strong>
  			</li>
			<li class="question">Identifique:
		</li>
	</ul>
<ol>
	<li>A informação biológica guardada na primeira base de dados que aparece nesta secção.
		</li>
	<li>Quantos aminoácidos tem a proteína codificada pelo gene OPN1LW.
		</li>
	<li>Qual a identificação da proteína nesta base de dados.
		</li>
	<li>Em que compartimento celular se localiza a proteína.
		</li>
	</ol>
<ul class="icon">
 <li class="ident">A <strong>UniProt/Swiss-Prot</strong> é a base de dados de proteínas mais conhecida.
  		</li>
 </ul> 	
  		
<ul class="icon">
  	<li class="research">Selecione agora a secção <strong>Publications</strong>
		</li>
  	<li class="indent">Esta secção dá acesso à <strong>PubMed</strong>, base de dados de literatura científica. Aqui encontra a lista de artigos publicados sobre o gene em estudo.
		</li>
  	<li class="research">Use o botão do lado direito do rato e, numa nova janela, siga o <i>link</i> do artigo de Ross M.T. <i>et al</i>, (2005), primeiro da lista.
		</li>
  	<li class="question">A que descoberta se refere o artigo?
		</li>
  	<li class="indent">O artigo completo não está acessível ao público pois, a maioria das revistas, necessita de assinatura paga. Mas se estiver numa instituição que assine a revista pode descarregar o artigo para o seu computador.
		</li>
	<li class="indent">Feche a janela da PubMed e volte à minicard para o gene OPN1LW
		</li>
	<li class="research">Siga para a secção <strong>Disorders &amp; Mutations</strong> (só aparece Disorders!)
		</li>
	<li class="question">Identifique:
		</li>
</ul>
<ol>
	<li>Doenças<sup><a><span title="Se quer saber mais sobre estas doenças siga o link do rodapé">[2] </span></a></sup>  em que o gene esteja envolvido.
		</li>
</ol>

  	<li class="indent"><strong>OMIM</strong> é uma base de dados que contém um catálogo de genes humanos e respetivas doenças genéticas.
		</li>
<ul class="icon">	
 	<li class="research">Ainda na secção <strong>Disorders &amp; Mutations</strong> siga o <i>link</i> <strong>Human Gene Mutation Database:<a href="HGMD.html" target="right"> OPN1LW </a></strong>, que se encontra no fim desta secção.
		</li>
	<li class="question">Identifique:
		</li>
</ul>
<ol>
	<li>Mutações conhecidas para o gene OPN1LW.
		</li>
</ol>
	<li class="indent"><strong>HGMD</strong> é uma base de dados que contém informação sobre o tipo de mutações encontradas para genes humanos (se ocorrem num exão, na região de <i>splicing</i>,se é uma deleção ou inserção, etc.).
		</li>
<ul class="icon">
	<li class="research">Volte à GeneCards e entre na secção <strong>Orthologs</strong> (Similar Genes in Other Organisms)
		</li>
 	<li class="question">Acha que genes semelhantes ao OPN1LW humano foram já  identificado noutros organismos?
		</li>
</ul>

<table  style="border: 2px solid rgb(0, 0, 0); border-collapse: collapse;"
 align="center" width="90%">
  <tbody>
    <tr>
      <td width="100%">
      <p style="padding: 1em;" align="justify">
      
<p>Acabou de fazer uma pequena viagem por algumas das bases de dados biológicos.</p>
<p>No entanto este é apenas o ponto de partida para um estudo mais aprofundado sobre os genes envolvidos na visão, mais concretamente o gene OPN1LW.</p>
<p>Ficou a saber que este gene se encontra no cromossoma X. </p>
        <li class="indent">Mas qual é a sequência de nucleótidos?</li>
        <li class="indent">E qual a organização estrutural do gene?</li>
        <li class="indent">Tem intrões?</li>
        <li class="indent">Como é regulado o gene?</li>
        
<p style="padding: 1em;" align="justify">Estas são as propostas de exercícios para a Pesquisa seguinte.</p>
      </td>
    </tr>
  </tbody>
</table>	
	
	
	
	
$Util.navlink(u"<strong>CONCLUSÕES</strong>", "../pesquisa2/conclusoes2.html")

<div class="links">
  <div class="tab linkstab">SABER MAIS</div>
  <div class="linkslinks">
    <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Colorblindness">Doença - Colorblindness</a><img src="/media/images/wiki.jpg" />
  </div>
</div>
  
#end def