Added rule to simulate a genome

Snakefile

@@ -32,6 +32,23 @@ rule all:
 
 
 
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+# Simulation of count data                                                     #
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+
+rule simulate_genome:
+    output:
+        tsv="simulation/genome{seed}.tsv"
+    log:
+        "log/simulate_genome/genome{seed}.tsv"
+    params:
+        svcount=200,
+        minsize=1000,
+        maxsize=2000000,
+        mindistance=1000000,
+    shell:
+        "utils/simulate_SVs.R {wildcards.seed} {params.svcount} {params.minsize} {params.maxsize} {params.mindistance} {output.tsv} > {log} 2>&1"
+
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 # Plots                                                                        #
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